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這31所副部級高校按照批次不同又可分為三級，其中1992年第一批副部級高校有14所，包括北京大學(xué)、清華大學(xué)、中國農(nóng)業(yè)大學(xué)、中國人民大學(xué)、北京師范大學(xué)、北京理工大學(xué)、北京航空航天大學(xué)、哈爾濱工業(yè)大學(xué)、中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)、北京醫(yī)科大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、上海交通大學(xué)、西安交通大學(xué)、西北工業(yè)大學(xué)，這14所高校基本覆蓋了各領(lǐng)域的龍頭高校。

2000年新增的7所綜合性大學(xué)雖然也表現(xiàn)不俗，但并不是各自領(lǐng)域的佼佼者，所以第一批沒有入選。2003年新增的11所副部級高校是第三批貝語網(wǎng)校，在國內(nèi)知名度不高，還處于打醬油的水平。很多高校都是合并的，這一批高校中最著名的合并就是“山川集”，可以說是大而不強(qiáng)！當(dāng)然，第一批、第二批高校中也有很多合并，實(shí)現(xiàn)了強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合。39所985高校中，有26所有過合并的歷史，尤其是2000年北京大學(xué)和北京醫(yī)科大學(xué)的合并，影響最為廣泛！這是一個(gè)風(fēng)向標(biāo)事件，直接導(dǎo)致我國著名的醫(yī)學(xué)院校紛紛成為綜合性大學(xué)的一部分，也引發(fā)了省屬高校紛紛效仿。比如鄭州大學(xué)合并河南醫(yī)科大學(xué)、鄭州工業(yè)大學(xué)。

2000年，北京大學(xué)與北京醫(yī)科大學(xué)合并，直接減少了1所副部級高校，同年又有數(shù)所醫(yī)科大學(xué)合并。

復(fù)旦大學(xué)與上海醫(yī)科大學(xué)合并副部級大學(xué)，東南大學(xué)與南京鐵道醫(yī)學(xué)院合并，吉林大學(xué)與白求恩醫(yī)科大學(xué)合并，山東大學(xué)與山東醫(yī)科大學(xué)合并，四川大學(xué)與華西醫(yī)科大學(xué)合并，武漢大學(xué)與湖北醫(yī)科大學(xué)合并，華中科技大學(xué)與同濟(jì)醫(yī)科大學(xué)合并，中南大學(xué)與湖南醫(yī)科大學(xué)合并，西安交通大學(xué)與西安醫(yī)學(xué)院合并。這9所醫(yī)科大學(xué)均于2000年合并。

隨后幾年，更多的醫(yī)學(xué)院校被合并。2001年，中山大學(xué)與中山醫(yī)科大學(xué)合并。2004年，蘭州大學(xué)與蘭州醫(yī)學(xué)院合并。2005年，上海交通大學(xué)與上海第二醫(yī)科大學(xué)合并。各大知名大學(xué)與醫(yī)學(xué)院校合并副部級大學(xué)，實(shí)力增強(qiáng)，錄取分?jǐn)?shù)線提高，清華大學(xué)也坐不住了。

2006年，清華大學(xué)與協(xié)和醫(yī)學(xué)院開始合作辦學(xué)，協(xié)和醫(yī)學(xué)院可以使用“協(xié)和醫(yī)學(xué)院—清華大學(xué)醫(yī)學(xué)院”作為第二名稱。實(shí)際上，作為當(dāng)時(shí)衛(wèi)生部直屬的唯一高校，協(xié)和醫(yī)學(xué)院無法真正合并，因此只是一個(gè)名稱而已。

其實(shí)，醫(yī)學(xué)院校合并是浙江大學(xué)打響了第一槍。1998年，浙江大學(xué)、杭州大學(xué)、浙江農(nóng)業(yè)大學(xué)和浙江醫(yī)科大學(xué)合并成立了浙江大學(xué)。當(dāng)時(shí)，這四所學(xué)校已經(jīng)通過了211預(yù)審，也就是說，如果不合并，就是四所211大學(xué)。合并之后，他們正在爭取當(dāng)時(shí)的9個(gè)985名額，也就是后來所謂的C9大學(xué)。浙江大學(xué)終于如愿以償了！

而沒有合并的醫(yī)學(xué)院校最終的發(fā)展并不盡如人意，比如中國農(nóng)業(yè)大學(xué)和中國人民大學(xué)的號召力已經(jīng)大不如前，哈爾濱工業(yè)大學(xué)甚至成為了C9高校中的守門人。雖然西安交通大學(xué)已經(jīng)和西安醫(yī)科大學(xué)合并，但是西安醫(yī)科大學(xué)的實(shí)力比較一般，所以并沒有得到太大的加強(qiáng)，在C9高校中的地位也僅僅比哈爾濱工業(yè)大學(xué)略高一點(diǎn)而已！

當(dāng)然，影響高校實(shí)力的因素有很多，但知名醫(yī)科大學(xué)的加入，絕對是學(xué)校實(shí)力倍增的最強(qiáng)保障！所以，三十一所副部屬高校的實(shí)力，已經(jīng)不能按批次排列了，尤其是第一批和第二批的分界，已經(jīng)漸漸模糊起來！

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